ネジで位置決めはできますか

ネジでの位置決めは基本的にできません。
雄ネジと雌ネジには微妙なすき間(金属加工業界ではよくガタと言います)があるため、正確に位置を決めることができません。
正確な位置決めをしたい場合は、ノックピンと呼ばれる精密なピンと、正確な位置、寸法で空けられた穴等を利用します。
治具等の位置決めの設計でお困りでしたらご相談ください。